Forholdet mellom akupunktur og immunsystemet er et svært viktig og interessant emne. Også innen skolemedisinen har man de senere årene blitt mer og mer klar over immunsystemets store betydning for en rekke sykdommer. Enkelte skolemedisinere hevder endog at alle sykdommer har mer eller mindre årsak i et immunsystem i ubalanse. 

Ut i fra dette kan vi forstå at et godt fungerende immunsystem er ytterst viktig for kroppens velbefinnende, og at dette har stor betydning for de fleste sykdommer. Dette gjelder særlig i dag hvor immunsystemet blir utsatt for store påkjenninger, både hos mennesker, dyr og planter.

Mange undersøkelser viser at akupunktur aktiverer immunsystemet. Det virker både på den ikke-spesifikke cellulære (cellebundet immunitet) og den humorale (blod-relatert, det vil si avhengig av forskjellige stoffer i blodet) immuniteten. Stimulering av visse punkter aktiviserer de hvite blodlegemene slik at de formerer seg raskere og blir mer aktive i å drepe mikrober og virus. Mikrosirkulasjonen i vevene blir også påvirket slik at de hvite blodlegemene og antistoffene i blodet når lettere fram til de bakterier og virus de skal uskadeliggjøre. 

Etter radioaktiv stråling er det særlig immunsystemet som blir svekket, og flere forsøk viser at akupunktur raskt får immunsystemet tilbake til normalfunksjonen. Dette gjelder både antall røde og hvite blodlegemer. I Hiroshima fikk befolkningen etter 1945 en uønsket demonstrasjon på dette. Gjennomsnittlig levealder for strålingsbelastede og akupunkturbehandlede japanere var den dobbelte av de ubehandlede.

Det er gjort forsøk på å måle hastigheten de hvite blodlegemene beveger seg mot bakterier og virus med. En halv time etter akupunkturbehandling beveger de hvite blodlegemene seg dobbelt så raskt mot bakterier som før akupunkturen. Det er således hevet over en hver tvil at akupunktur stimulerer immunsystemet. 

Immunsystemet er svært viktig ved alle former for allergier. Allergier beror nettopp på at immunsystemet overreagerer på eggehvite (protein) som trenger inn i kroppen, det være seg pollen, mat eller andre ting. Når man via akupunktur får stabilisert og normalisert immunsystemet, vil disse allergiske reaksjonene bli overflødige og forsvinne, kroppen trenger ikke lenger disse reaksjonene. 

Likeledes forholder det seg ved kroniske infeksjoner. De er vanligvis et tegn på at immunsystemet fungerer for dårlig, det er ikke sterkt eller aktivt nok til å kaste ut infeksjonen. Ved stimulering av immunsystemet vil det bli i stand til dette. Ut i fra denne tankegangen, kan man også forklare den førsteforverring man ofte ser ved immunstimulerende terapier. Infeksjonen eller allergien ligger der kronisk på lur, men når immunsystemet blir sterker vil det ta opp kampen mot de kroniske infeksjonene med fornyet styrke. De vil da blusse opp som en akutt infeksjon, det blir økt pussdannelse og økte betennelsesreaksjoner før det hele klinger av og heles. Den kroniske infeksjonen vil således akuttiseres, bli verre, før den helbredes. 

Denne tankemodellen kan gjelde de fleste tilstander, både eksemer, halsproblemer, øreproblemer og en rekke sykdommer hvor immunsystemet spiller en større eller mindre rolle. Når immunsystemet stimuleres, vil alle kroniske sykdommer som har relasjon til immunsystemet først blusse opp. 

Etter en immunstimulerende terapi vil som regel humør og matlyst øke, pelsen blir blankere, dyret blir mer fornøyd, spiser mer og legger på seg. Immunsystemet har som vi vet sterk relasjon til lever og milt, og en stimulering av disse organene vil gi økt matlyst og livslyst. Dette stemmer med at 90 % av immunsystemet i realiteten er utviklet i nær relasjon til førdøyelsessystemet. Vi ser også at de immunstimulerende punktene ligger på lever og miltmeridianen samt mage og tykktarmmeridianen, det vil si meridianer som i stor grad er tilknyttet fordøyelsen og stoffskiftet. 

Alle sorter svulster og kreftsykdommer er nært relatert til immunsystemet. At en svulst får lov av kroppen til å utvikle seg, forklares vanligvis med at immunsystemet ikke er sterkt nok til å ta livet av den. Derfor vil det være viktig for å forebygge kreft, at man har et immunsystem som er intakt. En stimulering av immunsystemet ved akupunktur vil derfor virke forebyggende mot denne fryktede sykdommen.